Spelaeomysis bottazzi, come altri rappresentanti di gruppi di crostacei presenti nel sottosulo pugliese (Termosbenacei, Ispodi Mcroparasellidi e Cirolanidi, Anfipodi) è un colonizzatore recente dei sistemi anchialini di questa regione. Spelaeomysis bottazzii e tutti i suddetti gruppi avrebbero, infatti, colonizzato i diversi sistemi idrici sotterranei della Puglia seguito delle regressioni Mio-Plioceniche del Mediterraneo (De Matthaeis et al., 1982). Un tale modello di colonizzazione, definito "Regression Model" (Stock, 1977) spiega l' attuale distribuzione di numerosi crostacei ipogei ("talassoidi") che sono generalmente limitati ad ambienti sotterranei non molto lontani dalle coste e caratterizzati da variabilità della salinità, tenmperatura ed ossigeno disciolto (ambienti anchialini).
Spelaeomysis bottazzi risulta attualmente ampiamente distribuita neli sistemi anchialini (grotte, pozzi) di tutta la regione pugliese di cui rappresenta uno di più caratteristici ed importanti endemiti.
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