La riproduzione, fatta, eccezione per pochi casi di partenogenesi geografica segnalati per alcune specie di arpacticoidi dei generi Epactophanes ed Elaphoidella, e' generalmente anfigonica. I maschi e le femmine, si incontrano e si riconoscono per mezzo di recettori chimici (chemiotassi) o luminosi, o mediante emissione di particolari feromoni (calanoidi); generalmente il maschio nuota in vicinanza della femmina e, quindi, l' afferra per mezzo delle antennule trasformate, dei massillipedi e del sesto paio di toracopodi; segue la "copulazione" (trasferimento delle spermatofore) che dura all'incirca un ora. In alcuni casi molte spermatofore possono essere trasferite ed attaccate ai gonopori di una sola femmina ad opera di maschi diversi. Le uova fecondate vengono generalmente raccolte in apposite "capsule", dette sacchi ovigeri, impari negli arpacticoidi e pari nei ciclopoidi e calanoidi. Nella maggior parte dei casi il numero delle uova per ciascun sacco ovigero e' variabile e per lo piu' abbastanza alto (20-100), in altri casi, come nelle forme stigobie, il numero e' notevolmente ridotto (1-10). Nei copepodi parassiti il numero delle uova e delle sacche ovigere prodotte da ciascuna femmina e' generalmente elevato. Alcuni copepodi marini possono rilasciare le loro uova libere direttamente all'estemo. In ogni caso le uova vengono emesse molte ore, in alcuni casi anche molti giomi dopo la copulazione. Molte specie di calanoidi producono uova resistenti, che possono essere trasportate e colonizzare nuovi habitat, anche molto distanti; tale capacita' dispersiva conferisce loro una variabilita' genetica molto elevata, secondo alcuni autori la piu' elevata tra tutti i crostacei. Il sesso e' nella maggior parte dei casi digametico femminile e viene determinato al momento della fecondazione; puo' essere del tipo XY (maschi), XX (femmine) o X0 (maschi) e XX (femmine).
In seguito, negli altri copepoditi, vengono ad aggiungersi gli altri metameri e tutte le altre appendici del corpo. [in basso a destra: Graeteriella unisetigera, copepodite III] Le caratteristiche sessuali secondarie ed il dimorfismo sessuale si sviluppano generalmente allo stadio di terzo copepodite; i successivi stadi di sviluppo comportano l'elaborazione delle caratteristiche finali dell'organismo. Nella maggior parte delle specie parassite ed in molti copepodi stigobionti ed eustigofili, gli stadi naupliari sono ridotti o del tutto assenti.
E' evidente che esiste una forte influenza delle condizioni ambientali sul ciclo riproduttivo dei copepodi. Le specie a sviluppo stagionale, per lo piu' stenoterme, sono caratterizzate da, cicli monociclici; alcune forme di acque temporanee, che sono nonnalmente monocicliche, possono, inoltre, prolungare la loro, stagione riproduttiva incistandosi o rallentando il loro sviluppo in condizioni sfavorevoli in attesa del ristabilirsi delle condizioni ottimali. A differenza dei cladoceri, la ciclomorfosi non e' molto frequente nei copepodi, sebbene in alcune specie si possono osservare apprezzabili variazioni di dimensioni in individui sviluppatisi in periodi diversi dell'anno. Alcune specie dulciacquicole possono produrre stadi resistenti quando le condizioni ambientali risultano sfavorevoli (prosciugamento dei bacini idrici, temperature troppo elevate o troppo basse, aumento di H2S, etc.); in particolare alcuni calanoidi del genere Diaptomus, verso la fine della stagione riproduttiva, producono uova resistenti, racchiuse in gusci chitinosi, capaci di condurre vita latente in assenza di acqua. In analoghe situazioni altre specie, sia tra i ciclopoidi che tra gli arpacticoidi, possono incistarsi rivestendosi di particolari secrezioni o del fango nel quale vivono, in attesa di poter riprendere il loro ciclo allorquando le condizioni ambientali ritornano ad essere favorevoli. La possibilita' di produrre stadi resistenti in fanghi asciutti o in substrati di diversa natura e' uno dei piu' importanti fattori che regolano l'ampia capacita' dispersiva dei copepodi. In molti copepodi marini ed in alcune specie dulciacquicole sono noti fenomeni di diapausa strettamente collegati con il fotoperiodo e la temperatura. Tale strategia adattativa, se per un verso puņ sembrare svantaggiosa in quanto, dilatando il ciclo vitale, puo' far aumentare il rischio di mortalita' individuale, d'altro canto presenta l' indubbio vantaggio di rappresentare una sorta di "scappatoia" nei confronti di temporanee condizioni ambientali sfavorevoli. Molte specie marine di calanoidi possono presentare il fenomeno della bioluminescenza. Organi bioluminescenti si rinvengono in particolare in diverse specie dei generi Oncaea, Pleuromamma, Leuckartia e Metridia che presentano cellule particolari di colore verde, disposte su tutto il corpo, capaci di espellere una secrezione luminosa, per la durata di 2-40 secondi, quando, l' animale viene disturbato o deve sfuggire ad un predatore.
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