La seconda Era del Fanerozoico è l'Era Mesozoica (o Mesozoico). Essa è suddivisa in tre periodi :
L'Era Mesozoica è soprannominata "ERA DEI DINOSAURI", perché è proprio in questa era che i Dinosauri compaiono, si diversificano, dominano il mondo, e poi scompaiono. La più famosa, ma non la più catastrofica, delle estinzioni di massa è certamente quella cretacica che vide, 65 milioni di anni fa, la scomparsa, appunto, dei dinosauri, un gruppo di rettili che aveva dominato incontrastato il nostro pianeta per oltre 150 milioni di anni, per far posto ai "giovani" mammiferi ! Numerose sono le ipotesi che sono state suggerite per spiegare le cause della grande estinzione cretacica, compresa la scomparsa dei dinosauri; tra queste quella oggi maggiormente accreditata e quella cosidetta dell' iridio, suggerita da un gruppo di ricercatori californiani (W. Alvarez, L. Alvarez, F. Asaro, H. Michel) alla fine degli anni '70, i quali scoprirono, nei pressi di Gubbio, una quantità anomala di questo elemento (circa 30 volte il livello normale sulla superficie terrestre) tra due strati geologici separanti il Cretacico dal Terziario, il limite appunto del mondo dei grandi rettili mesozoici. Successivamente, alla scoperta dei suddetti ricercatori ne seguono molte altre, in tutto il mondo, e sempre al limite tra rocce cretaciche e terziarie. Come è noto, l'iridio è piuttosto raro nelle rocce terrestri, mentre risulta particolarmente abbondante in altre parti del sistema solare e nelle meteoriti. La spiegazione più plausibile è che questa imponente quantità di iridio sia giunta dalla spazio. Come? Due sono le ipotesi più attendibili: l'iridio potrebbe essere stato trasportato dall'interno del sistema solare sul nostro pianeta per mezzo di una cometa, oppure tramite un meteorite delle dimensioni di un piccolo asteroide (circa 10 km di diametro). In entrambi i casi una quantità enorme di materiale extraterrestre (circa 500 miliardi di tonnellate!) si sarebbe abbattuto sul nostro pianeta, con una velocità di circa 10 km al secondo, con immaginibali, disastrose conseguenze sul mondo biologico. Le prove tangibili dei suddetti impatti ci viene fornita dalla forma degli oltre 100 giganteschi crateri presenti sul nostro Pianeta, dei quali alcuni sono chiaramente visibili, altri parzialmente ricoperti, altri giacciono in fondo ali abissi oceanici. Nella penisola dello Yucatàn si rinviene il cratere più famoso, con 195 Km di diametro. Si tratta molto probabilmente del punto di impatto della cometa o dell’asteroide su citati, che 65 milioni di anni fa determinò l'estinzione dei dinosauri e del 70% delle altre specie allora esistenti. In scala minore anche ai tempi nostri precipitazioni di asteroidi o impatti sfiorati rappresentano il segnale d’allarme per ricordarci che probabilmente è solo questione di tempo se disastri di dimensioni ancora più imponenti non si sono ancora verificati. Quello che in Arizona viene chiamato il “Meteor Crater” ha solo 50.000 anni, e se l’asteroide che l’ha generato fosse precipitato ai giorni attuali, avrebbe distrutto un'intera regione! Un' altra ipotesi più recente, tuttavia meno sostenibile, postula l'apertura, nello stesso periodo, di un oceano artico, precedentemente chiuso, verso altri oceani, con consequenze disastrose su vasta scala mondiale, compresa l'estinzione dei dinosauri e di moltissimi altri gruppi di organismi. Tra le tante teorie che cercano di interpretare le cause di un tale drammatico evento, quella che attualmente riuscuote maggior credito nel mondo scientifico è quella che lo attribuisce ad un grandioso evento vulcanico realizzatosi in Siberia. In tale occasione una enorme massa magmatica, alta circa 3 km, sarebbe fuoriuscita da fessure della crosta terrestre e si sarebbe quindi espansa sulla superficie terrestre, producendo tanto detrito e pulviscolo da oscurare la luce del sole, una quantita di acido solforico sufficiente ad acidificare gli oceani e, probabilmente, tanta anidride carbonica da determinare un imponente "effetto serra" . Oltre alle ipotesi succitate, tuttavia, sono state avanzate altre teorie: raffreddamento del clima, aumento delle radiazioni cosmiche, malattie, progressiva sostituzione, a partire dal Cretaceo, delle gimnosperme (piante senza fiore apparente) con le angiosperme (le moderne piante con fiori). Probabilmente, come quasi tutti i grandi eventi evolutivi, questa estinzione fu, in realtà, dovuta al concorso di numerose cause differenti.
L' Archaeopteryx è un volatile, da lungo tempo estinto, con alcune caratteristiche simili a quelle di un uccello, quali le piume, ed altre simili a quelle di un rettile, come un tipo di dita poste alle estremità delle ali, e dei denti. Pur potendosi spiegare come uno stadio attraverso il quale sono passati gli uccelli nel processo evolutivo a partire dai rettili, avrebbe anche potuto trattarsi semplicemente di una creatura distinta dalle altre, come il pipistrello, il quale è un mammifero capace di volare, dotato di dita alle articolazioni delle ali e di denti. Il pipistrello non viene mai considerato uno stadio nel passaggio da uccelli a mammiferi semplicemente perché gli evoluzionisti non credono che i mammiferi costituiscano un'evoluzione a partire dagli uccelli, ma la relazione è la stessa. Ai nostri giorni molti animali sono estinti ed il numero delle specie viventi diviene sempre minore. L'archeopterix potrebbe essere semplicemente un volatile estinto, poiché nel passato le forme di vita esistenti erano più numerose di oggi; inoltre, i fossili di archeopterix sono tutti completamente sviluppati; non uno più rettile e un altro più uccello. Tutti gli scheletri di Archaeopteryx fino ad oggi trovati (sette) provengono dai calcari del Giurassico superiore di Solnhofen (Baviera). Archaeopteryx si è fossilizzato in sedimenti a grana finissima che spesso hanno conservato attorno allo scheletro l'impronta di penne molto simili a quelle degli uccelli attuali.
Complessivamente la crisi cretacica comportò l'estinzione del 75% della fauna preesistente, però fu ben poca cosa se confrontata con quella permiana, avvenuta circa 240 milioni di anni fa, ben più imponente della precedente, che comportò la estinzione di oltre il 95 % della fauna allora esistente. In quest' ultimo periodo vennero sterminati interi gruppi, sia terrestri che acquatici, già ampiamente diffusi ed adattati sul pianeta, in particolare il 96% di tutte le specie animali marine ed il 52% delle famiglie appartenenti ai Tetracoralli, gran parte dei Brachiopodi, Archeociatidi (fossili di difficile interpretazione, probabilmente poriferi), moltissimi molluschi cefalopodi, Trilobiti, Cistoidi (Echinodermi) e, tra i vertebrati, molti anfibi Stigocefali. Dati recenti dimostrano che 8 dei 27 ordini degli insetti, 21 delle 27 famiglie di rettili, 6 - 9 famiglie di anfibi e la maggior parte delle piante terrestri scomparvero in questo periodo, e ciò si realizzò in un tempo notevolmente breve, circa 1 milione di anni. Ma, successivamente, ci vollero circa 100 milioni di anni perchè la biodiversità recuperasse da tale massiva estinzione!
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