Il "labrum" consiste originariamente di un lobo muscolare impari, orientato posteriormente, che ricopre l'apertura boccale. Da questa condizione primitiva si passa ad altre derivate: nei platicopioidi ed in alcuni arpacticoidi si presenta bipartito, nei poecilostornatoidi è generalmente bilobato, negli altri ordini non si discosta molto dalla condizione ancestrale, plesiomorfa. I paragnati, nella condizione più primitiva, sono rappresentati da. due lobi distinti, finemente setolosi, situati tra la base delle mandibole e delle maxille; nella condizione apomorfa essi possono fondersi a formare una struttura impari, definita "labium".

Le mandibole consistono di una coxa (a) e di un palpo (b) [figura a sinistra]. La coxa presenta una sviluppata gnatobase, armata di numerosi denti disposti lungo il margine distomediale e di due setole dorsali. Il palpo, primitivarnente biramoso, consiste di una base su cui si inseriscono un esopodite ed un endopodite; la condizione plesiomorfa, a cinque articoli, viene conservata nell'esopodite dei platicopioidi, calanoidi, misophrioidi ed arpacticoidi; tutti gli altri ordini presentano un esopodite con non più di cinque articoli. L'endopodite è biarticolato nelle forme primitive, uniarticolato in quelle più evolute. In alcune famiglie di ciclopoidi (Cyclopidae e Ozmanidae) l'intero palpo è ridotto ad un unico articolo vestigiale, armato di 2-3 setole, o risulta del tutto assente.

Le prime mascelle (maxillule) risultano anch'esse fortemente ridotte e modificate rispetto agli altri crostacei. In quasi tutti gli ordini la precoxa e' differenziata in gnatobase e porta generalmente lunghe setole; la base porta un esopodite ed un endopodite che possono, in molti casi, regredire sino a scomparire del tutto. Nei ciclopoidi si ha solo una gnatobase portante un unico articolo lobato. Negli arpacticoidi, infine, la riduzione di queste appendici e' ancora più drastica, tanto da rendere difficile in molti casi riportarle allo schema generale dei crostacei.

Le seconde mascelle (maxille), uniramose e sprovviste di esopodite, consistono di una precoxa, coxa, base ed un endopodite formato da quattro articoli; la precoxa e la coxa portano entrambe due enditi.

Molto semplici risultano anche i massillipedi: essi sono costituiti da 3 segmenti basilari e da un endopodite. Quest'ultimo è formato da 6 articoli nelle forme più primitive (Platycopioida, Calanoida, Misophrioida); nei Cyclopoida esso è costituito da cinque articoli a seguito della fusione dell'articolo prossimale con la base; nei siphonostornatoidi da 4, negli arpacticoidi, gelielloidi, poecilostornatoidi e mormonilloidi da 2 soli articoli.

Le appendici natatorie dal I' al IV' paio sono molto caratteristiche: esse sono tipicamente biramose [figura a sinistra: IV paio nei Cyclopidae (a= coxa, b=base; c=esopodite; d=endopodite)], con esopodite ed endopodite formati primitivamente da 3 articoli. Da questo schema generale deviano la maggior parte delle specie sotterranee (stigobionti) che possono, a seconda dei casi, presentare un minor numero di articoli, come pure una notevole riduzione dell'endopodite. Le appendici del V' paio (figura in basso), generalmente molto regredite, assumono funzione paracopulatoria, costituendo un importantissimo carattere diagnostico a livello generico ed in alcuni casi a livello di famiglia. Esse sono costituite da un esopodite ed un endopodite, generalmente rappresentato da un ridotto numero di articoli. Nella maggior parte dei casi le appendici del V' paio risultano profondamente modificate, nei gelyelloidi mancano del tutto.

Nei Podoplea l'endopodite tende a ridursi notevolmente sino a scomparire del tutto; nei monstrilloidi, siphonostornatoidi e nella maggior parte degli arpacticoidi è incorporato alla base a formare un caratteristico "basendopodite".

Negli ordini dei ciclopoidi e degli arpacticoidi il segmento genitale porta di regola un paio di appendici vestigiali (sesto paio), piu' sviluppate nel maschio che nella femmina. Nelle forme liberamente natanti il VI paio di appendici toraciche ed in alcuni casi il V' paio delle fernmine puo' mancare del tutto. Nelle forme a vita parassitaria il quinto segmento toracico risulta per lo piu' fuso con il sesto ed il quinto paio di appendici toraciche, e' vestigiale o del tutto assente.

Gli ultimi due somiti del metasoma possono, in alcuni casi, essere parzialmente o del tutto fusi tra loro; pertanto il metasoma risulta costitutito da 6, 5 o 4 somiti a seconda del genere o della specie. L'urosoma, generalmente sprovvisto di appendici, comprende il somite genitale ed i successivi somiti addominali. Nei maschi questa regione è costituita da 5 somiti distinti; nelle fernmine il primo somite addominale risulta fuso con il somite genitale a formare, nell'insieme, il cosidetto "segmento genitale". L'ultimo somite addominale (somite anale) è fornito di un ano, dorsale o terminale, ricoperto in molti casi da uno speciale opercolo anale.

In alcuni arpacticoidi l'opercolo anale viene sostituito da uno pseudoopercolo derivato dalla mernbrana ialina del somite preanale.

Ulteriori fenomeni di fusione dei somiti addominali possono, in alcuni casi, ridurre il numero dei segmenti dell'urosoma a 3 o a 2. In certi casi il sornite genitale ed i somiti addominali possono fondersi completamente tra loro, a formare il cosidetto "genitoabdomen". L'urosoma termina con i rami furcali (o rarni caudali), portanti setole, laterali ed apicali, di varia lunghezza e morfologia, definite nel loro complesso setole furcali. La maggior parte degli autori considerano i rami furcali come un vero e proprio segmento addominale piuttosto che delle appendici.

In alcuni generi di arpacticoidi (Maraenobiotus, Parastenocaris, Tetragoniceps, Phyllopodopsyllus, Pteropsyllus) i rami furcali possono essere sessualmente dimorfi; generalmente sono le femmine che presentano trasformazioni, talora molto spinte, ma si conoscono anche casi di maschi con rami furcali molto modificati.

La forma generale del corpo dei copepodi a vita libera non presenta apprezzabili variazioni, se non in relazione ai differenti modi con cui essi si muovono; gli arpacticoidi mostrano, al contrario, notevoli variazioni di forma, potendo essere, infatti, appiattiti, discoidali, fusiformi e piu' o meno allungati; il corpo delle forme parassite risulta, nella maggior parte del casi, profondamente trasformato (vermiforme, a sacco, con lunghi processi posteriori, etc.).

Per quanto riguarda le dimensioni corpore, queste generalmente diminuiscono con l'aumentare della temperatura. E' stato anche dimostrato che un tale comportamento potrebbe porsi in relazione con l'aumento della mortalità che si verifica quando le dimensioni del corpo aumentano con l'aumentare della temperatura; in particolare sembra che specie che diminuiscono le loro dimensioni con l'aumentare della temperatura sarebbero dotate di una maggiore "fitness" (Myers & Runge, 1984).

Il colore del corpo, generalmente molto vistoso (rosso, azzurro, blu) nei calanoidi, e' dovuto riserve di lipidi o a particolari pigmenti quali la zooeritrina, denominata anche diaptomina (rosso), omologa all'astacina dei malacostraci e la carotinalbumina (blu). A questi pigmenti possono aggiungersi i colori (verde, bruno, etc.) dei diversi prodotti ingeriti dai copepodi con la loro dieta (microplancton, alghe, detrito), in molti casi visibili per trasparenza nel tubo digerente. La maggior parte degli altri copepodi, comunque, presenta colorazioni poco appariscenti che vanno dal bianco latte al bianco rosato o ad una piu' o meno completa trasparenza; le specie sotterranee, soprattutto quelle molto specializzate (stigobionti) possono essere completamente depigmentate.

L'esoscheletro, per lo piu' molto sottile e scarsamente mineralizzato, risulta generalmente liscio. Esso è costituito di chitina ed e' organizzato in tre strati distinti: cuticolare, epidermico e membranoso. La porzione cuticolare consiste di una sottile epicuticola acromatica, poggiante su di uno strato chitinoso basofilo, entrambi prodotti da particolari ghiandole sottotegumentali. Questa parte dell'esoscheletro e' generalmente molto ridotta in corrispondenza delle articolazioni e dell'inserzione delle diverse appendici.