Le caratteristiche dominanti e recessive non sono sempre così nette come osservato da Mendel nella pianta di pisello. Alcune caratteristiche sembrano mescolarsi: per esempio, incrociando una pianta di "bella di notte" (Mirabilis jalapa) a fiori rossi con un'altra a fiori bianchi, in prima generazione si producono eterozigoti di colore rosa. Analogamente se si incrociano due razze di polli di colore nero e bianco si hanno eterozigoti di colore grigio scuro (polli andalusi).

Questo fenomeno, in cui il fenotipo dell'eterozigote è intermedio tra quelli dei due omozigoti, è detto dominanza incompleta.

In altri casi gli alleli possono agire da codominanti (Codominanza) e si esprimono in modo uguale, per cui l’eterozigote manifesta il fenotipo di entrambe le situazioni omozigoti: in pratica non esiste dominanza. Un esempio molto noto è quello del sangue umano.

I GRUPPI SANGUIGNI NELL'UOMO

Il tipo di gruppo sanguigno nell'uomo è determinato da 3 alleli: A, B, 0, con entrambi gli alleli A e B co-dominanti.

SOVRADOMINANZA

È un fenomeno raro dovuto al fatto che l’allele dominante svolge un effetto maggiore quando è allo stato eterozigote e non quando è omozigote. La teoria dell’eterosi, o della sovradominanza, fu ipotizzata molti anni fa da Shull, e si basa sulla seguente constatazione: siccome frequentemente una coppia di alleli si esprime in modo diverso rispetto a quanto accade per l’uno e l’altro allele allo stato omozigote, l’eterozigote potrebbe essere più vigoroso dei genitori.