Storicamente gli organismo viventi evenivano suddivisi in 5 regni: Monera, Protoctista, Fungi, Plantae, Animalia.

Da un punto di vista strettamente genetico i suddetti regni (o domini) vengono attualmente ridotti a tre [PDF] :

Le Archaea ( Archaebacteria ) sono una delle maggiori divisioni degli esseri viventi. Nonostante non sia ancora sicura la filogenia del gruppo, le Archaea, Eukaryota e Bacteria sono i fondamentali domini degli esseri viventi. Le archaea sono, come i bacteria, singole cellule mancanti di nucleo e assieme ai bacteria sono state in passato classificate come prokaryota o monere. Originariamente sono state classificate esaminando gli ambienti più estremi di vita, ma successivamente sono state trovate in tutti gli habitat.

I bacteria sono microrganismi unicellulari, procarioti, detti anche schizomiceti, di dimensioni di solito dell'ordine di pochi micrometri, ma che possono variare da circa 0,2 dei micoplasmi fino a 30 micron di alcune spirochete.

I batteri hanno in comune una struttura di base, che comprende una parete cellulare, che è una strutura caratteristica della cellula procariote, e, al di sotto della parete, una membrana cellulare: su di essa si trovano quasi tutti gli enzimi che svolgono le reazioni metaboliche, poiché i batteri sono privi di organuli intracellulari, tranne i ribosomi 70S. Manca una membrana nucleare, poiché il "cromosoma" è circolare e a contatto col citoplasma; possibile presenza di plasmidi esterni al cromosoma. Nel citoplasma sono presenti granuli di riserva. Possibile presenza di fimbrie o di uno o più flagelli, atti al movimento. La parete cellulare può essere rivestita esternamente da una capsula, formata di regola da polisaccaridi secreti dai batteri. Nel caso di Bacillus anthracis, la capsula è composta da polipeptidi dell'acido D-glutammico. La presenza di capsula conferisce alle colonie batteriche un aspetto "liscio" o "mucide", mentre quelle prive di capsula manifestano un aspetto "rugoso". La funzione della capsula è di proteggere la cellula procariote dalla fagocitosi e dai virus.

Per procedere all'identificazione del ceppo batterico, si usano le seguenti metodologie: riconoscimento a microscopio ottico od elettronico, la colorazione di Gram, la morfologia, l'aspetto della coltura, la mobilità, la capacità a produrre spore, l'acido-resistenza e l'esigenza di condizioni aerobiche o anaerobiche per la crescita; altre prove sono di natura biochimica, quali la valutazione della capacità del microrganismo di utilizzare particolari terreni (con conseguente generazione di acidi e/o gas), di produrre particolari enzimi (p. es. catalasi, fosfatasi), oppure di ridurre od ossidare determinati componenti. La colorazione di Gram è una delle metodologie più utilizzate e si basa sulla distinzione delle caratteristiche della parete: una struttura con più peptoglicani si colora, Gram positivo; una minor presenza di peptoglicani contraddistingue i Gram negativi. Anche per questo è necessario porre particolare attenzione alla preparazione dei terreni.

Il dominio Eukaryota comprende organismi, mono- o pluricellulari, costituiti da cellule eucariote che hanno come caratteristica principale la presenza di un nucleo, ben definito e isolato dal resto della cellula tramite l'involucro nucleare, nel quale è racchiuso la maggior parte del materiale genetico, il DNA (una parte è contenuta nei mitocondri).

Queste cellule presentano una dimensione maggiore (solitamente il loro asse maggiore è compreso fra i 10 e i 50 µm) e sono dotate di un citoplasma compartimentato da membrane interne che delimitano degli organuli specializzati. Ognuno degli organuli immersi nel citoplasma è deputato a svolgere una particolare funzione.

Gli organuli presenti in tutte le cellule eucariote sono un nucleo, diversi mitocondri, le cisterne del reticolo endoplasmatico e dell'apparato di Golgi, vacuoli (vescicole temporanee tra cui i lisosomi). Sono presenti aggregati complessi come i ribosomi, e varie fibre proteiche che costituiscono il citoscheletro.

I SEI REGNI PROPOSTI DA CAVALIER-SMITH. 1998, 2001. 2004

Recentissime ricerche ultrastrutturali e studi di filogenesi molecolare (Sina et al. 2005) hanno portato, infine, alla conclusione che esisterebbero sei grandi raggruppamenti ("clusters") tra gli Eucarioti, corrispondenti ai raggruppamenti su cui si fondavano i tradizionali regni