"I established the opposite view, that this history of the embryo (ontogeny) must be completed by a second, equally valuable, and closely connected branch of thought - the history of race (phylogeny). Both of these branches of evolutionary science, are, in my opinion, in the closest causal connection; this arises from the reciprocal action of the laws of heredity and adaptation... 'ontogenesis is a brief and rapid recapitulation of phylogenesis, determined by the physiological functions of heredity (generation) and adaptation (maintenance)" (Haeckel, E. 1899)

Haeckel è stato uno dei primi e dei principali esponenti del darwinismo in Germania, che egli interpretò, e in parte corresse, soprattutto sotto l'influenza della filosofia della natura di Goethe. Il darwinismo rappresentava per Haeckel non solo una teoria scientifica e filosofica, ma anche uno strumento di liberazione politica e religiosa.

Egli concepì una morfologia strettamente meccanicistica, come parte integrante, con la chimica e la fisica, della scienza della natura: forma, materia e forza. Haeckel pensava a un'unificazione della filosofia con la scienza in un'unica indagine.

La legge dell'evoluzione di Darwin fu integrata da Haeckel con la «legge biogenetica fondamentale», secondo la quale l'ontogenesi, cioè lo sviluppo individuale degli embrioni, è una ricapitolazione abbreviata e incompleta della filogenesi, cioè dello sviluppo evolutivo della specie.

Secondo Haeckel, le fasi cruciali nello sviluppo di un embrione, che portano alla formazione delle varie strutture anatomiche, avverrebbero secondo una sequenza analoga a quella con la quale le stesse strutture sarebbero comparse nei viventi nel corso dell’evoluzione. Ad esempio, nell’embrione di pollo vi è uno stadio in cui si forma una sorta di appendice caudale, che in seguito si riassorbe, mentre compaiono gli abbozzi degli arti; ciò sembra seguire la sequenza evolutiva dei vertebrati, in cui dapprima comparvero animali che si muovevano grazie a movimenti caudali (pesci) e poi comparvero i primi tetrapodi (gli anfibi), capaci di spostarsi con vere e proprie zampe.

La legge è oggi considerata ancora uno dei principi biologici fondamentali, anche se alcuni aspetti delle idee di Haeckel, considerati alla luce delle successive ricerche embriologiche, si sono rivelati non corretti, o quanto meno non generalizzabili.

Altri evoluzionisti moderni sono più categorici, demolendo questa che era considerata un tempo una prova dell'evoluzione e ritenendo impossibile adattarla alla conoscenza più attuale secondo cui le caratteristiche dell'adulto sono contenute nei geni della prima cellula dell'embrione.

L'embrione umano che ricapitola nel suo sviluppo la storia della sua evoluzione attraverso le varie tappe, protozoo, pesce, anfibio, mammifero? Ebbene, alla teoria della ontogenesi, che ricapitola la filogenesi, sono in pochi a crederci ormai. Recentemente essa è stata, anzi, apertamente sconfessata come «erronea» e «poco convincente» da importanti ricercatori fra cui Walter Bock, biologo della Columbia University e C. H. Woddington dell'università di Edimburgh nel suo Principles of Embryology.